Para atendimento de suas finalidades e atribuições previstas em lei, a SPH tem a seguinte organização básica:
Diretoria Executiva |
| Diretor Superintendente |
Gilberto Cunha |
| Diretor de Hidrovias |
José Carlos Martins |
| Diretor Administrativo-Financeiro |
Ricardo José Bronstrup |
| Diretor de Portos |
Ronaldo Lopes Garcia |